23. září 1938 byla vyhlášena všeobecná mobilizace, Němci obsadili české pohraničí. Nastala těžká léta boje s německým okupantským fašismem. I České noneto zvolilo nové metody práce. Dokladem toho byl například koncert v Moravské Ostravě dne 23. ledna 1939, kde byl premiérován Nonet „Rok 1938“ Otakara Jeremiáše; kompozice z prosince 1938. Skladba vznikala pod dojmem osudových událostí roku. Skladatel sám žádal, aby jeho premiéra byla v Moravské Ostravě. Dílo, věnované Českému nonetu, neslo podtitul Český chorál. Svou existencí a náplní zavazovalo členy noneta po celou dobu okupace. Již v programu tohoto koncertu byla patrná slova charakterizující uvědomění si tohoto závazku: „Motivicky je v této skladbě užito původního Svatováclavského chorálu a husitské písně, čímž je vystižena pasivita i aktivita minulých smutných dnů. Dílo končí projevem víry v lepší příště – a to je poslání, pro něž bylo vytvořeno.“

Další premiérou roku byla Zichova Chodská suita. Svým názvem působí i toto dílo symbolicky. Obě skladby patří mezi nejuváděnější díla v době okupace. Programy s citací husitského chorálu užitého ve skladbě první „tenť Pán velí se nebáti záhubcův tělesných“ působily manifestačně zejména v zemích Hitlerovy Třetí říše, kam České noneto pravidelně za tam nasazenými krajany zajíždělo. Zajíždělo i na český venkov. Desítky koncertů na venkově a v Praze byly ve znamení neúnavné reprodukce nových děl. Znamenalo to 42 premiér během války, z toho tři čtvrtiny byly původní skladby pro noneto. Soubor se též podílel na desítkách rozhlasových produkcí.

S nároky, jež kladla těžká doba okupace a druhé světové války, se České noneto vyrovnalo více než čestně.

Po skončení války vstupuje České noneto do kulturního dění Hertlovou úpravou Českých tanců Bedřicha Smetany. Po jejich úspěchu na prvním Pražském jaru se však začíná poukazovat na těžké pracovní podmínky, nevalnou hospodářskou situaci souboru a existenční starosti jeho členů : „Bude třeba postarat se o to, aby členové tohoto i jiných vynikajících komorních souborů byli zbaveni nutnosti zabezpečit svou existenci hraním v orchestrech a jinou činností; jenom tak můžeme od nich očekávat, že budou moci vložit všechny své síly do úkolů, které od nich vyžaduje náležité zastupování zájmů naší komorní hudby.“ (Štěpán Lucký, České výkonné hudební umění a festival in Rytmus 9 – 10, 1946, s. 22 – 24, cit. s. 23)

Teprve po dvacetileté praxi Českého noneta se o pracovní potíže souboru začala zajímat veřejnost. Do faktické úpravy těchto obtíží uběhlo dalších pět let. České noneto nadále důstojně reprezentovalo naši hudbu.

Následovaly koncerty v Rakousku, Švýcarsku, Francii, Anglii, Polsku, Maďarsku, Itálii. Novinové kritiky byly naplněny chválou. Úspěch stíhal úspěch.

Zahraniční zájezdy, množství koncertů doma, 27 premiér, to je bilance let 1946 – 1951. Obecenstvo i kritika byly nanejvýš spokojeny. V roce 1949 se pomalu začínala projevovat únava. Vysoké pracovní vypětí a roztříštění mělo odezvu i ve vzájemných vztazích členů souboru a skončilo odchodem uměleckého vedoucího a kontrabasisty Františka Hertla a flétnisty Karla Hanžla. Vystřídali je Miroslav Novotný a Hynek Kašlík. České noneto v letech 1949 – 1951 provedlo jen jedinou premiéru do roka.

„Kdo zná symfonický orchestr našeho rozhlasu a jeho program, kdo sleduje i jeho veřejné koncerty, ten ví, že není maličkost stačit na tuto práci. Není právě zábavou pobývat denně pět až šest hodin v místnosti velmi nedostatečně větrané, kde umělé světlo a zvláštní akustika namáhají oči i uši. Nuže, členové Noneta si k této těžké službě přidávají svou službu nonetovou, které věnují všechno volno i náhradní den . Co ti lidé mají ze své práce? Ve spolcích, které provozují soudobou hudbu, dostávají honorář, který snad stačí na elektriku, vyžehlení fraku a vyprání košile, ale už ne na zakoupení notového materiálu, na koncertech vlastních mají risiko deficitu, při sjednávání zájezdu do ciziny musí sami všechno vyběhávat na úřadech a honorář pak stačí snad na krytí výloh na cestu, nocleh a nejnutnější jídlo. A chtějí-li se svým souborem odjet na delší zájezd, tak jim rozhlas sice velmi ochotně dává dovolenou, ale oni jsou pak povinni postavit do orchestru místo sebe hodnotnou náhradní sílu, kterou musí sami zaplatit . Nejen že tedy ve svém Nonetu pracují takřka zadarmo a v přesčase, ale za tuto práci musí fakticky ještě platit instituci, která ze všech ‚výrobců hudby‘ má nejvíce prostředků.“ (Karel Reiner, Kulturní politika, 1.11.1946, č. 7)

Přibližně takto tedy vypadala situace, za které muselo nejen České noneto pracovat. Krizi počátku padesátých let můžeme charakterizovat jako velkou únavu, která přibývala na své intenzitě a velmi bolestně postihovala soubor.